ちょっと題名からして専門用語ですが、ショッピングカートのシステムを自分で構築する場合、主に「CGIのカート」か「CMSのカート」を利用する事になるでしょう。

「CGIのカート」
動的なページを作成する時に使う「CGI（Common Gateway Interface）」。
メールフォームや掲示板、チャットなどもこのCGIを利用するプラグラムの代表格といえます。通常のパターンは、作成者から閲覧者に対して片側通行の静的なページですが、このCGIを使う事によって双方向の通信が可能となります。
例えば掲示板は誰でも書き込み可能ですが、通常のページには書き込みが出来ません。メールフォームも書き込んで送信できますね。

このCGIを利用したショッピングカートは、簡易的なものであれば対応できるでしょう。例えば商品数が少なかったり、商品検索や商品の入れ替え等が少ない場合です。
CGIはサーバーに負荷をかけてしまうデメリットがあります。あまり大量のデータを扱うと動きが鈍くなり処理能力を超えてしまいますので、目安として商品点数は50点以下程度と考えた方が良いでしょう。

「CMSのカート」
CMS（Content Management System）はオープンソースのシステムです。オープンソースとは、誰もが勝手にカスタム可能であるという事です。
このCMSショッピングカートシステムには、「Zencart」や「EC Cube」が代表的です。主にMySQLのデータベースとPHPを連動させて、高機能なショッピングサイトを作る事が出来ます。
データベースを利用する事で、商品管理や顧客管理なども管理画面で容易に行う事ができ、商品数が増えてもCGIに比べるとしっかりと対応できます。
Zencartなら10,000点以上も可能、EC Cubeでも1,000点ぐらいまでは対応できます。

CMSはPHPとデータベースの特性をある程度理解していなければ、カスタムはもちろんですが初期設定もできない場合があります。
HTMLとCSSは当然理解し、その他ある程度のPHPとMySQL（phpMyadmin等）の使い方や理屈を分かっている事が導入への第一歩になります。
もちろん使いながら覚えていく方法もありますので、チャレンジの価値はあります。しかし共用サーバーでの構築を考えた場合、他の利用者の迷惑になる可能性もありますので、自信のない時は誰かにアドバイスをもらいながらする事をお勧めします。

ショッピングサイトはビジネスを基本に考えたサイトです。簡単に作って簡単に儲ける事は絶対できませんので、自分なりに努力と勉強が必要です。
もしも自分で趣味の延長等でネットショップをお考えの際には、レンタルショップサイト（カラーミーやおちゃのこネット等）を利用されるか、無料で作れるショッピングサイトを利用しましょう。ある程度のHTML知識があれば、管理画面から楽しく運営する事ができます。