個人でECサイトを製作される方の中にも、本格的にCMSを使って構築しようとする方もおられるでしょうし、業者に依頼する場合でも「当方はこのCMSを使用しています」といった感じで紹介される場面があると思います。

「Zencart と EC Cube はどちらが有利？」
代表的なCMSカートには上記の二つが挙げられます。しかし残念ながら「こちらがお勧めです」と明確にお答えすることができません。
私は業務の中で前者の「Zencart」を利用しています。どちらも触れるに越した事はないのですが、どちらかに絞ってカスタマイズを特化していく方が賢明と考えて、CMSは一つに絞って営業しております。どちらを選ぶかは人それぞれというところでしょうか。

【Zencartの特徴】
世界中で利用され外国語対応も充実しており、開発からの年数と利用者数が多く、カスタマイズや追加モジュール等のオプションが多い。
ただし、元々海外ベースの開発なので配送等のモジュールが不足気味（カスタマイズで対応）

【EC Cubeの特徴】
日本ベースに開発されたもので、きめ細かな設定が可能。しかし開発からの年数と利用者数において、情報量が少なく今後の充実が期待されている。

私は「EC Cube」も触っていますが、やはり業務として請け負うためには自分自身の経験値が高い「Zencart」を利用する事になりそうです。
コンサル分野でお客様が使用されているCMSカートがEC Cubeであった場合には、そちらの方面でも対応していく必要があります。そこはお客様が使いやすい環境にするべきと考えていますので、両者を比べながら研究を続けていく努力が必要だと感じています。