事業内容によって複数のサイトを運営したい場合に悩む事があります。
「マルチドメインかサブドメインか」

マルチドメインとは、異なるドメインを取得する方法です。また本体サイトと同サーバーを利用するため経費は発生しませんが、若干制約事項が出てきます。
以下の構成だとして説明していきます。
　・本体サイト「http://www.example.com」
　・サブサイト「http://www.subsite.com」

サブドメインとは、同じドメインで運営する方法です。当然本体サイトと同サーバーを利用するため経費は発生しませんが、若干制約事項が出てきます。
　・本体サイト「http://www.example.com」
　・サブサイト「http://sub.example.com」

一般的に使われる「www」もサブドメインの一つです。しかしこれは付ける場合と付けない場合があるので、基本はどちらも同じページを反映させています。
　「http://example.com」 = 「http://www.example.com」

マルチドメインは一からドメインの力を育てる必要があります。サブドメインは別サイトとみなされますが、どうしてもメインサイトに比べると検索結果が下にきてしまいがちです。
結果としてサブ的なコンテンツ、例えばメインが「ITコンサルティング業務」でサブコンテンツに「HP製作業務」という場合です。
しかし全く別の業務、例えばメインが「アパレル関係」でサブが「飲食業」の場合、同じ屋号で同経営の時にはサブドメインでも問題なさそうですが、しっかりとコンテンツ分けを図るためにマルチドメインまたは別サーバーでの運営も考えた方がいいでしょう。

当事業所では「IT業務」の他に「ハンドメイド委託販売業務」も行っておりますが、内容と目的が全く異なるために別サーバーで別ドメインにて運営しています。

＜複数サイト運営方法の結論＞
同経営の場合にコンテンツ内容（業種等）を考えて、別サーバー運営、マルチドメイン運営、サブドメイン運営の選択肢から選ぶべきです。
・別サーバー
　全く運営手段とコンテンツが異なるもの
　経費： サーバー費用とドメイン費用

・マルチドメイン
　コンテンツ内容が違うもの
　経費： ドメイン費用

・サブドメイン
　コンテンツ内容が似ているもの
　経費： 特になし

上記方法の選択でマルチドメインやサブドメインの制約事項および設定に関しては、サーバー会社によって異なりますので、場合によっては設定費や使用料が追加されるかも分かりません。