HP運営管理に当たっては様々な契約方法があります。
　・製作費 / 更新費 / 管理費とも別料金
　・製作費無料で管理費は複数年契約
　・製作費 / 管理費無料で更新は別途

などなど、業者によって料金体系はバラバラです。果たしてどのような契約が有利と言えるのでしょうか。

まず考えておきたい事は、年間（月間）コストです。
どのような契約にしても、月単位でどれぐらい費用がかかるかを計算していきます。製作費も込みで計算していくには、一年単位で考えてみましょう。
初年度は製作費が入るため割高になりますが、二年目からは更新管理費だけの計算が出来ます。
同じ所で長くお世話になると決めたら、3年や5年のスパンで考えてみてもいいでしょう。更新費用も含め、月にいくらぐらいのコストをかけれるか分かっていないと、費用対効果も分かりませんし、HPが業務に役立っているか試算しにくいものとなります。

以上の事を踏まえて考えてみると、一概にリース契約が悪いとは思いません。
しかし単純に「複数年契約をすれば製作費が無料になる」という目先のコストだけを考えてはいけません。必ず3年なら3年、5年なら5年として、他業者の契約方法と比較する事が重要です。

また、HP運営を依頼する業者の業務内容やサポート体制をしっかり把握し、仮に解約した場合に違約金がどれぐらい発生するのか、ドメインはどうなるのか、後の事もしっかりと把握した上で契約するようにしましょう。
相見積もりは契約の基本ですから、HP運営管理も例外とは言えません。しっかり複数業者に見積もり依頼および説明を受ける事です。
そこで断って怒る業者なら、先の安定した運営は期待できないと言えますね。